Rozpoznanie afty opiera się na typowym obrazie klinicznym: jest to najczęściej pojedyncze (czasem nieliczne), płytkie owrzodzenie błony śluzowej, zwykle bardzo bolesne przy jedzeniu i mówieniu. Często widoczna jest rumieniowa obwódka zapalna, a dno bywa jaśniejsze (szarawobiałe lub żółtawe) na tle zaczerwienienia.
Odpowiedź "leukoplakia" nie pasuje do typowego obrazu afty, ponieważ leukoplakia jest przede wszystkim białą plamą lub płytką o charakterze rogowacenia. Kluczową cechą różnicującą jest to, że taka zmiana jest zwykle nieścieralna i ma bardziej "płytkowy" wygląd niż owrzodzenie. W praktyce każda podejrzana leukoplakia wymaga oceny lekarza (ryzyko zmian przednowotworowych), a nie traktowania jej jako zwykłego owrzodzenia.
Odpowiedź "liszaj płaski" jest nieprawidłowa, bo klasyczna postać w jamie ustnej daje obraz białych, koronkowych/siateczkowatych smug (tzw. siateczka) na błonie śluzowej policzków lub innych okolic. Może współistnieć nadżerka, ale sam liszaj zwykle nie jest pojedynczą, dobrze odgraniczoną aftą; częściej ma charakter rozlany i przewlekły.
Odpowiedź "opryszczka zwykła" sugeruje zakażenie HSV. W opryszczce typowe są pęcherzyki (często w skupiskach), które pękają i tworzą nadżerki oraz strupy; często towarzyszy wywiad nawrotów i uczucie pieczenia. W jamie ustnej zmiany bywają mnogie, a przebieg może mieć cechy infekcji (np. większa rozległość i wyraźny początek).
Dla higienistki stomatologicznej praktyczne jest: poprawne opisanie morfologii (owrzodzenie vs biała płytka vs siateczka vs pęcherzyki), zebranie krótkiego wywiadu (ból, czas trwania, nawroty) i skierowanie do lekarza, gdy zmiana utrzymuje się, nawraca nietypowo lub budzi podejrzenie leukoplakii.
