Poprawna kolejność czynności wynika z logiki przygotowania prostego preparatu mikroskopowego. Najpierw wykonuje się etap umieszczenia materiału na szkiełku podstawowym, ponieważ dopiero wtedy próbka znajduje się w miejscu przeznaczonym do obserwacji i można kontrolować jej ilość oraz rozmieszczenie.
Kolejny krok to dodanie barwnika. Barwienie zwiększa kontrast i ułatwia dostrzeżenie elementów, które w świetle przechodzącym byłyby słabo widoczne. Dodanie barwnika na tym etapie pozwala też na jego równomierne rozprowadzenie w materiale przed zamknięciem preparatu.
Następnie nakłada się szkiełko nakrywkowe. Ten etap stabilizuje warstwę próbki, pomaga uzyskać bardziej stałą grubość, zmniejsza ryzyko przesuwania się materiału podczas ustawiania ostrości oraz ogranicza wysychanie. W wielu prostych technikach to właśnie przykrycie preparatu jest "zamknięciem" przygotowania, po którym nie powinno się już intensywnie manipulować próbką.
Ostatni etap to obserwacja pod mikroskopem, bo ma sens dopiero wtedy, gdy preparat jest kompletny: materiał jest na szkiełku, ma zapewniony kontrast (barwnik) i jest zabezpieczony szkiełkiem nakrywkowym.
- Układ, w którym barwnik jest podawany przed nałożeniem próbki, jest nielogiczny, bo barwnik miałby być nanoszony "na pusto" i dopiero potem mieszany z materiałem w niekontrolowany sposób.
- Wariant z nałożeniem szkiełka nakrywkowego przed barwieniem często prowadzi do trudniejszego dozowania barwnika (ryzyko wprowadzania pęcherzyków, nierównego zabarwienia) i może pogorszyć jakość obrazu.
- Obserwacja przed zakończeniem przygotowania nie spełnia celu zadania, bo oceniałoby się preparat niekompletny i niestabilny.
W praktyce laboratoryjnej szczegółowe etapy mogą zależeć od celu badania i zastosowanej metodyki, ale w schemacie szkolnym dla prostego preparatu barwionego właściwa jest sekwencja: próbka → barwnik → szkiełko nakrywkowe → obserwacja.
