ERP to system ogólnofirmowy (sprzedaż, zakupy, finanse, planowanie), a WMS jest wyspecjalizowany w pracy magazynu. ERP może mieć moduł magazynowy, ale WMS zwykle daje dokładniejsze zarządzanie lokacjami, zadaniami i przepływem pracy (np. kolejkowanie zadań, strategie kompletacji).