Najczęściej spotyka się strefy odpowiadające technologii produkcji i wymaganiom roślin, np. miejsce rozmnażania i ukorzeniania, kwatery uprawowe w pojemnikach lub gruncie, strefy z osłonami/cieniowaniem, miejsce hartowania oraz zaplecze (magazyn, podłoża, nawóz, narzędzia). Konkretne rozwiązania zależą od profilu szkółki.