Magazynowanie biogazu wiąże się m.in. z ryzykiem pożaru/wybuchu (mieszaniny palne), nieszczelności oraz zagrożeń zdrowotnych przy obecności niepożądanych składników. W praktyce kluczowe są: szczelność, odpowiednia wentylacja stref, kontrola instalacji, dobór armatury oraz przestrzeganie procedur eksploatacyjnych.