Nie zawsze. Identyfikacja zależy od jakości widma, sposobu jonizacji, dostępności bibliotek i tego, czy związek ma izomery o podobnej fragmentacji. Dlatego w laboratoriach potwierdza się wyniki dodatkowymi danymi (np. czas retencji, standard, inna technika). Mimo tego MS pozostaje jedną z najlepszych metod identyfikacji.