Kontaminacja to zanieczyszczenie próbki z zewnątrz (pojemnik, rękawice, kurz, nieszczelne zamknięcie). Unika się jej przez stosowanie czystych/odpowiednio przygotowanych pojemników, właściwe zamknięcia, pracę w rękawicach, etykietowanie i szybki transport zgodnie z metodyką.