Endopeptydazy rozcinają wiązania peptydowe "w środku" łańcucha białka (np. pepsyna, trypsyna, chymotrypsyna). Egzopeptydazy odcinają aminokwasy od końców peptydu (np. aminopeptydazy i karboksypeptydazy). Ta różnica pomaga ustalić, które enzymy zaczynają, a które kończą trawienie.