Zagrożenia mikrobiologiczne dotyczą drobnoustrojów (bakterie, drożdże, pleśnie) i zwykle kontroluje się je parametrami obróbki, higieną oraz warunkami przechowywania. Zagrożenia chemiczne to substancje niepożądane (np. alergeny, pozostałości środków myjących), kontrolowane przez surowce, mycie, separację i znakowanie.